הכיבוש העות'מאני בתחילת המאה ה-16 הביא לשיפור ניכר במצבה של ירושלים עד לרבע האחרון של המאה אז חלה הידרדרות המצב העיר. בימיו של הסולטאן סולימן ידעה העיר תנופת בנייה שהובילה לשיפור בתשתיות העיר ובביטחונה ולפיכך גם בכלכלתה, מגמה זו נשמרה במידת מה גם בימי של סלים השני עד 1574. לירושלים לא נודעה חשיבות צבאית, כלכלית או מדינית מיוחדת באימפריה, אך מעמדה הדתי של ירושלים זיכה אותה ביחס מיוחד מצד השלטון המרכזי שהביא לתנופת פיתוח בעיר, שיפור בטחונה וכלכלתה ולגידול דמוגרפי במספר תושביה. אופי השלטון העות'מאני הליברלי יחסית וגישתו המתונה כלפי הנתינים הלא-מוסלמיים יצרה כעין מערכת בלמים ואיזונים שמנעו ניצול של התושבים בידי השלטון המקומי והביאו לרווחת העיר. לקראת סוף המאה ה-16 החלו להופיע ניצני מחלה ראשונים אצל האיש על הבוספורוס וכתוצאה מכך חלה דעיכה באיכות השלטון שבעקבותיה גם הורע מצב העיר.
עם כיבוש ירושלים בידי העות'מאניים הוחלה עליה שיטת המינהל של האימפריה העות'מנית והיא נקבעה כסנג'ק (מחוז) הכפוף לפלך דמשק ול'ואלי' העומד בראשו. בראש העיר עמד המושל ('סנג'ק ביי') שלא היה מבני העיר ומינויו נעשה בידי ב'ואלי' או באופן ישיר על ידי השלטון המרכזי. כעזר כנגדו ניצב ה'קאדי' ששימש כשופט דתי אך נודעה לו גם השפעה בנושאים החורגים מתחום הדת. בעיר שהו כוחות יניצ'רים והיווה כעין חיל מצב המייצג את עניינו של השלטון המרכזי בעיר. כמו כן כללו מוסדות השלטון את ה'סובאשי' שניהל את השיטור בעיר וה'מחתסב' שמונה לרוב מתוך תושבי העיר והיה אחראי על השווקים. על אף ההיררכיה המוגדרת של שיטת המינהל העות'מאנית ניכר כי ל"שער העליון" הייתה לפחות לעיתים נגיעה ישירה למתרחש ובעיר והוא היה כתובת לפניות אזרחי העיר, בולט בהקשר זה עיסוקו של הסולטאן סולימאן שדאג לפיתוחה (להלן) של העיר. נראה כי מצבה של העיר היה תלוי באיזון בין השליט המקומי שלרוב (ואולי רק לקראת סוף המאה) ראה לנגד עיניו רצון ברווח אישי מהמינוי לו זכה מול האינטרס של השלטון המרכזי שראה לנגד עיניו את האיתנות הכלכלית ורווחתה של האוכלוסייה. נראה כי בתחילת דרכה בארץ ישראל הצליחה שיטת המינהל העות'מאנית, יחד עם התערבות ישירה של "השער העליון", ליצור תנאים לשיפור במצבה של העיר. מידת ההתערבות של השלטון המרכזי בנעשה בעיר חופפת במידה רבה למצבה של העיר, וכאשר ההתערבות דעכה ומנגנון המנהל התערער ובעיקר הסתאב ידעה ירושלים תקופת שפל.
בתחום הבינוי ידעה העיר בשנות שלטונו של הסולטאן סולימאן (1520-1566) תנופת פיתוח ובינוי שכללה את הקמתן מחדש של חומות העיר, שיפור מערכת אספקת המים ("בריכת הסולטאן" ואמות מים) לעיר הן לצרכי מחייה והן לצרכי דת, שיפוץ מבני דת (כמו כיפת הסלע), שיפוץ ופיתוח השווקים (שוק הירקות ושוק סוחרי התבלינים) בעיר והקמת מבני ציבור ומסחר. בנייתן מחדש של החומות יחד עם פעולות השלטון להגברת הביטחון בדרכים וסביב העיר חברו לפיתוח התשתיות הכלכליות (כמו שיפוץ השווקים) והביאו לשיפור במצבה הכלכלי של העיר. את השיפור במצב הכלכלי ניתן גם להחשיב כאחת הסיבות לגידול הדמוגרפי המאסיבי של העיר במהלך המאה שבמסגרתו העיר כמעט והכפילה את מספר תושביה (מ-5,600 תושבים בעת הכיבוש לכ-10,000 בסוף המאה). לקראת סוף המאה חלו קיפאון ודעיכה בהיקף הבנייה בעיר ובמצבה הכלכלי וגודל האוכלוסייה בה שאף הידרדרו.
בתחום יחסי אוכלוסיית העיר והשלטונות נודעה כמובן חשיבות למרכיבים הדתיים של האוכלוסייה. מטבע הדברים, בשל היות השלטון מוסלמי, נהנו המוסלמים בעיר ממעמד חברתי עדיף על פני היהודים והנוצרים. עם זאת, על אף שהשלטון העות'מאני היה מוסלמי הוא עדיין היה שלטון זר והתושבים המוסלמים נדרשו בתשלום מיסים, ציות לראייה המאזנת בין האינטרסים של האוכלוסיות השונות ובתקופות של הכבדת עול המיסים סבלו לא פחות מהנוצרים והיהודים. גורם חשוב שעמד לרשות המוסלמים היה ה'קאדי' ששימש כסמכות הדתית ושירת את האוכלוסייה המוסלמית, אם כי הוא שימש גם כתובת בעבור התושבים הלא-מוסלמים. הנוצרים והיהודים בעיר חיו בירושלים במעמד של "בני חסות" כנגזר מה"שריעה" המוסלמית. ניתנה להם הזכות לחיות בעיר והוטל עליהם לשלם "מס גולגולת", מבחינה חברתית היו הלא-מוסלמים בעיר נחותים אך על פי רוב היו שווים מבחינות אחרות זולת "מס הגולגולת". בתקופות המאוחרות יותר של המאה ה-16 הפכו הנוצרים והיהודים בעיר מפאת חולשתם למקור לסחיטת כספים בידי השלטון המקומי. הבדל אחד בין היהודים והנוצרים היה יחסם של השלטונות אל היהודים כחטיבה אורגנית אחת לעומת הכרה בזרמים השונים של הנצרות בעיר. נראה כי היהודים והנוצרים בעיר היו תלויים באיזון בין "השער העליון" ובין השלטון המקומי כאשר הראשון מעניק פרשנות ליברלית יותר ל"ברית עומר" ואילו המקומי נוטה לפרשנות מחמירה יותר ואף להפרה של ההלכה הדתית. ניכר כי לכל האוכלוסיות בעיר עמד גם נתיב כלשהו שיכול היה לעקוף את השלטון המקומי ולהגיע אל ה'ואלי' או אל השלטון באיסתנבול שלרוב היה קשוב ונהג ללא משוא פנים בתלונות בני העיר.
לסיכום, השלטון העות'מאני בירושלים החל בתנופת פיתוח נרחבת בירושלים ויצר תנאים נוחים לשגשוג של האוכלוסייה בה. אך עם הידרדרות השלטון המרכזי והסתאבות מערכת המנהל של האימפריה נותרה ירושלים במידת מה מופקרת בידיהם של שליטים שראו לנגד עיניהם מטרת רווח אישי מתפקידם וכתוצאה מכך חלה דעיכה במצב העיר ברבע האחרון של המאה שהגיעה לשיא בימיו של מחמד אבן פרוח' בתחילת המאה ה-17 שעשק את תושבי העיר והביא להידרדרות הכלכלה והאוכלוסייה של העיר.
