כפי שהסברנו במאמר המבוא, לאחר שמסביר ספר בראשית את קיומו הפיזי של העולם והאדם הוא ממשיך בכדי להסביר את מהות קיומו הבסיסית ביותר של האדם והסיפור הראשון המשמש למטרה זו הוא כמובן סיפור גן העדן בבראשית ב' ו-ג'.
גן העדן הוא כמובן אחד הסמלים והרעיונות החזקים ביותר בתיאולוגיה, ויחד עם הגיהנום הוא מתקיים בדתות רבות המנגידות את העולם הבא- הטוב בתכלית או הרע בתכלית – עם העולם הזה שיש בו משני הדברים. רעיון גן העדן מתקשר בקשר הדוק לתורת הגמול המאפיינת את התנ"ך ודתות אחרות בכך שהוא מבטיח חיים שלאחר המוות טובים או רעים בהתאם למעשיו של האדם בחיים האלו. אך גם לכינונה של תורת גמול שכזו יש צורך באפיון מספר יסודות בקיומו של האדם שאותם מציע סיפור גן העדן.
בכדי להבין את מהות השינוי שעבר על אדם וחווה לאחר שאכלו מעץ הדעת טוב ורע ננסה לבחון את מהותו של העץ הזה. כאשר הנחש פונה אל חווה הוא אומר על עץ הדעת "כי ביום אכלכם ממנו ונפקחו עיניכם והייתם כאלוהים יודעי טוב ורע" (ג', ה'). מה הכוונה בידיעת "טוב ורע"? מאחר וזוהי במידה רבה תהייה קיומית נפנה את אחד מגדולי הפילוסופיה הקיומית, אלבר קאמי, שבחיבורו "המיתוס של סיזיפוס" אמר: "לו אני עץ בין העצים, חתול בין החתולים, כי אז הייתה לחיים האלו משמעות…". כלומר, העץ או החתול אינם מחפשים את משמעותם, וזאת משום שהם לא נדרשים לבחירה בין טוב לרע, הם פשוט עץ או חתול. האדם, לעומת זאת, נדרש לברור את מעשיו, לדעת כי יש משהו נכון ולא-נכון וכי עליו מוטלת המשימה להכריע בניהם. אנו רואים כי הדבר הראשון שאדם וחווה עושים לאחר שאכלו מעץ הדעת טוב ורע הוא להבין כי הם ערומים ולמהר להתלבש – ובכך אנו מבינים כי מאותו רגע, בנוגע לעץ או החתול של קאמי, הם נעשו מודעים לעצמם. מכאן שהאכילה מעץ הדעת טוב ורע הקנתה לאדם מודעות לעצמו (וגם בושה) שמתקשרת עם הצורך שלו לבחור את מעשיו, לברור בין טוב לרע, או במילים אחרות – להיות יצור בעל תודעה ובחירה מוסרית.
אך בכך לא תמה המשמעות של סיפור גן-העדן. אלוהים מגרש את אדם וחווה מגן העדן מכיוון ש-" הן האדם היה כאחד ממנו לדעת טוב ורע ועתה פן ישלח ידו ולקח מעץ החיים ואכל וחי לעולם" (ג', כ"ב). כלומר, אלוהים מפחד שלאחר שאכלו מעץ הדעת טוב ורע ימשיכו אדם וחווה ויאכלו מעץ החיים, ואז ישתוו אליו. על כך אמר הפילוסוף היווני פרותגורס: "על האלים אינני יכול לדעת, לא שישנם ולא שאינם ולא כיצד הם בצורתם; כי רבות הן המניעות לידיעה, גם אי-הבהירות וגם קוצר חיי האדם". כלומר, לאחר שאכל מעץ הדעת האדם הוא אמנם בעל מודעות, יכולת בחירה וחקירה, אך הוא בכל זאת מוגבל בשל קוצר חייו שבעיטו לעולם לא יוכל האדם באמת להבין את משמעות קיומו ולהתעלות לדרגתו של האל.
אלוהים משית על אדם וחווה שלושה עונשים עיקריים לבד מהסילוק מגן העדן. הוא קובע כי יהיה סכסוך בין ילודי חווה והנחש שיהרגו זה את זה, ובכך מופרת ההרמוניה בין המין האנושי והחיות. הוא קובע כי האדם יצרך לעמול ולעבוד את הקרקע בכדי לשרוד ובכך מופרת ההרמוניה בינו לבין הטבע. כמו כן הוא קובע כי הגבר ימשול באישה וכך גם מופר השוויון בניהם. כך אנו רואים כי המודעות, הבחירה והמוגבלות של האדם הולכות יד ביד עם הפרת הקיום ההרמוני והמושלם. סיפור גן העדן מסביר את מצבו הקיומי הבעייתי של האדם, את חוסר ההרמוניה המתמיד עם כל הסובב אותו ואת הצורך שלו בבחירות והכרעות מוסריות.